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《形而上学》第十二卷后五章通常被看作是亚里士多德实体学说的“神学”，也可看作是其思想变化的组成部分。在这里，他首先提出的任务是：“既然实体有三种，两种是自然的，一种是不运动的，应该来谈谈这最后的一种”。所谓两种自然实体，一是指非永恒的感性实体，即他在前面讨论最多的有生灭的具体事物，二是指永恒的感性实体，即天体。这两类自然实体都是运动的，都属于自然哲学即物理学的研究对象。如前所述，第一哲学的研究对象是不动的东西，所以现在亚里士多德要讨论的就是这种实体。
一种不运动的实体必定是永恒的。因为实体是第一位的存在，如若实体毁灭了，一切也都不存在，但是前面已经论证过运动和时间都是永恒的，所以这种实体必然永恒。此外，这种实体的“本质即是现实性”，没有任何质料和潜能。因为如若是潜能，就不会永恒，既然潜能的东西可能存在也可能不存在；同理，如若有质料，就有潜能（既然质料是以潜能的方式存在），也就不是完全的现实性了。这种永恒而不动的实体，正因为是完全的现实性和无质料的纯形式，所以才成为永恒运动的原因，即第一动者。它是被向往和被思想的对象，并以这种方式使事物运动。向往的对象是“善”（直译为“好”），因此，善是第一动者，也是事物所要达到的目的，它作为事物追求的“所为因”引导事物的运动。这个善，也是思想（nous,理性）的对象，因为“最高层次的思想，是以至善为对象的思想。”思想由于接触和想到这个对象，也就分享它而成为对象，所以，思想和被思想的东西是同一的，“思想就是对思想的思想”。这样的思想，是人生的最大快乐，是至高无上的。它之所以是至高无上的最大快乐，是因为这个东西就是神，能一刻分享神所永享的至福，当然是受宠若惊的事情。“神是赋有生命的，生命就是思想的现实活动，神就是现实性，是就其自身的现实性，他的生命是至善和永恒。我们说，神是有生命的、永恒的至善，由于他永远不断地生活着，永恒归于神，这就是神”。黑格尔曾经将亚里士多德这段话原文照搬，作为他的《哲学全书》的结束语。两位哲学大师思想之相通之处，由此可见一斑。
这就是亚里士多德从概念分类、事物分析推进到逻辑分析所建立起来的神实体说或神学。单纯从逻辑上讲，这个神学也可看作是他的本原论、原因论、运动论、实体论思想的融汇贯通之处。神是无质料的纯形式、无潜能的完全现实、不动的第一动者、万物的终极目的、“独立于可感事物而存在”的最高实体，它永恒、至善，以自己为对象，充满永恒的生命活力，但又“没有体积、没有部分，不可分”，也“不承受作用，不被改变”。形式因、动力因、所为因三因合一，在这里得到了完全的实现。黑格尔曾经给予亚里士多德的这一思想以极高的评价：“神是纯粹的活动性，是那自在自为的东西；神不需要任何质料，──再没有比这个更高的唯心论了”。显然，这个“神”并不是宗教神而是哲学神。它既是逻辑分析的产物，又是思想（理性）的代名词。把思想本身（而不是把物或神）推到至高无上地位，并以自身为对象进行活动，使主观和客观、思维和对象达到真正的统一，“只有在思维里面，才有客观和主观的真正相符；......这就是亚里士多德哲学中的最高点；人们不能希望认识比这更深刻的东西了”。 确实，从苏格拉底开始的希腊精神哲学，到亚里士多德这里达到了顶点，虽然他的精神哲学是以自然哲学为基础的。
从具体事物是第一实体，到（事物的）形式是根本实体，再到（纯形式的）神是最高实体，这或许可以理解为亚里士多德实体学说的发展历程（请注意，这不是时间上的先后而是逻辑上的先后，因为时间先后的问题涉及著作编年史，很难取得一致的意见）。亚里士多德的看法之所以会发生如此大的变化，原因是多方面的。首先，从思想背景看，虽然他批判了柏拉图的理念分离学说，坚持脚踏实地的学术风格和从具体到抽象的思维进程，力图在自然哲学基础上研究第一哲学，但是他毕竟深受柏拉图长达20年之久的影响，不可能不重视他视之为“形式”而柏拉图视之为“理念”的那个eidos。其次，从词源关系看，ousia本身就有“实体”和“本质”两方面含义，一个侧重载体，一个侧重本性。当他在不同的地方，从不同的角度和层面探讨实体时，侧重不同的含义是非常自然的事情。
从巴门尼德将存在确立为哲学的研究对象，经过苏格拉底－柏拉图对“是什么”亦即本质问题的探索，到亚里士多德的第一哲学，可以看作是形而上学或本体论的形成过程，为整个西方古典哲学定下了基调。不过亚里士多德的形而上学（第一哲学）虽然对后世影响非常大，但是其中许多深刻的思想（例如形而上学以实体为核心的范畴体系确立了世界的逻辑结构、潜能与实现的生成论动态因素等等）迟至黑格尔才真正得到发扬光大。
亚里士多德的灵魂学说不仅是其自然哲学的重要组成部分，而且运用了第一哲学的一些基本原则来分析问题，因而显得很有特色。他在《论灵魂》里集中阐述了这方面的思想。我们只简要概述两点：灵魂的本质及其与躯体的关系；灵魂的功能。
亚里士多德认为，灵魂既不是德谟克利特所说的精细原子，也不是毕达戈拉斯学派的数目和谐，更不是柏拉图的独立于躯体之外的永恒不朽的东西，而是“潜在地具有生命的自然物体的形式”，或“潜在的具有生命的自然物体的第一现实性”。所以，“灵魂是在公理意义上的实体，它使有关的物体是其所是”。“灵魂是在自身内具有动静本原的自然物体的形式或本质”。这几个关于灵魂本质的定义性说法，典型体现了亚里士多德灵魂观的特点。首先，他完全是运用《物理学》和《形而上学》中阐述的哲学基本原则和概念来规定灵魂的，所以灵魂被视为形式、现实性、实体或本质。其次，他否定了万物有灵的传统观念，把灵魂限定在“潜在地具有生命的自然物体”范围内，“把生命作为有灵魂的东西和无灵魂的东西的区别所在”，排除了无生命物具有灵魂的可能性。再次，他比较好地处理了灵魂与躯体的关系。一方面，灵魂是精神性的东西，不是物质或物体，另一方面，灵魂又不能脱离躯体而独立存在，任何一个生命物体，都是由作为形式的灵魂和作为质料的躯体结合而成的，也只有在和躯体的结合中，灵魂才能发挥作用。“由此可见，灵魂和躯体是不能分离的，如果灵魂具有部分，那么灵魂的部分也是不能和躯体分离的”。灵魂不仅“寓于躯体之中，存在于某一个别躯体之中”，而且“不象前人说的那样，把灵魂硬塞到任一躯体里面”。相反，任何灵魂都有其独特的性质，都存在于自己固有的质料中，这样才能构成每一生命个体。
灵魂是生命原则，而生命有多种表现（如理智、感觉、摄取营养等），不同的表现构成灵魂的不同等级。亚里士多德把灵魂的等级分为三类，分别讨论了它们的不同功能及其关系。
最低的等级是植物灵魂或营养灵魂。“营养灵魂寓于一切其他能力之中，它是灵魂最初的、最为共同所有的能力，一切生物靠了它而具有生命”。它的作用表现在两个方面，即摄取食物和生殖。植物仅有营养能力，所以是最低的灵魂形式。比植物灵魂高一层次的是动物灵魂或感觉灵魂。除营养能力外，任何动物至少拥有一种感觉，即触觉。感觉灵魂又具有三方面的功能，即感觉、欲望和位置移动。最高的形式是人类灵魂或理智灵魂。因为这种灵魂除包括营养灵魂和感觉灵魂的所有能力之外，还有推理和思维的能力，而这种能力是人以外的其他生物所不具备的。
感觉能力并非现实地存在着，它是潜在的，必须受到感觉对象的启动。就象燃料一样，如果没有某种东西把它点着，它自身不会燃烧起来。使感觉由潜在变成现实的感觉对象都是外在的、不依赖感觉而存在的个别事物，因此现实的感觉都带有个别性。但是，感觉所接受的不是对象的质料，而只是形式。“感觉就是撇开感觉对象的质料，而接受形式，正如蜡块，它接受戒指的印迹而撇开铁或金，它所把握的是金或铜的印迹，而不是金或铜的本身”。正因为感觉依赖于对象的刺激，所以就有个比例问题，比例协调才会产生感觉。反之，如果对象对感官的刺激太强，就会破坏比例甚至破坏感官，例如震耳欲聋或强光眩目，这说明了感觉的局限性。
理智与感觉既有相同的一面，又有根本的区别。“所谓理智，指灵魂用来思维和判断的部分。”首先，理智对于思维对象的关系与感觉对于感觉对象的关系是一样的，因为它也唯有在思维时才现实存在着，在思维之前，什么也不是，而且也只接受对象的形式而不是对象本身。但是，理智在本质上不同于感觉，这种不同主要表现在两个方面。其一，理智有主动与被动之分。被动理智指的就是前述之理智的含义，即思维能力，它不能脱离肉体而单独存在，是可毁灭的，它本身潜在着，只有在接受对象而思维时才具有现实存在。主动理智则不然，它指思想自身或理智自身，不是作为思维能力而是作为思维对象存在着，不与别物相混杂，“就象对象和其质料分离一样，理智也是同样分离的”。正因为不和肉体混合在一起，所以它（也只有它）是永恒的和不朽的。比较而言，主动理智优于被动理智，因为“主动的东西总是比被动的东西更尊贵，本原比质料更尊贵”。其二，理智以自身为对象。感觉的对象是外物，而“理智自身就是思维对象”，所以“思维和被思维是一回事情”。所谓理智以自身为对象，指被动理智即思维能力以主动理智即思想本身为对象。因为没有这种主动理智就不会有思维，它作为形式、动力和目的，作为现实地在先的东西，推动着被动的理智能力从潜在变成现实，进行着思维活动。在这里，亚里士多德从灵魂功能分析的角度，也得出了与《形而上学》相同的结论：思想就是对思想的思想。所以，黑格尔说，“我们今天所谓主观和客观的统一，在这里是最明确地说出来了”。
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