研究所自成立以来，已先后与许多国际知名大学与研究所建立长期合作关系，在师资交流、学生联合培养、项目合作交流、刊物互换、共同举办国际学术会议等方面展开了实质性的合作。自2001年后专职人员出境学术交流达25次，接待海外学者37人次，顺访学者56人次。接受国内访问学者7人次。日本佛教界报纸《中外日报》，曾刊登长篇报道介绍我所佛教与宗教学研究状况。

研究所与中央统战部、国家民委、国家宗教事务局等有关部门有着密切的合作关系，共同开展调查研究。与中国佛教协会、中国道教协会、基督教三自爱国会、天主教爱国会等宗教团体也有着良好的学术交流。